Bản Tấu của Bộ Binh vào năm Duy Tân thứ 6 (1912), về việc đề nghị khen thưởng viên làm việc tích cực ở nhà thương, nhưng qua nội dung văn bản, có thể thấy rõ khi có bệnh dịch, các quan trong thành và nhân dân đến nhà thương, bệnh nhân nặng nằm lại đây, để bác sĩ cấp thuốc theo bệnh và điều trị: Tháng 10 năm ngoái nhận được tờ tư của tỉnh Nghệ An trình bày rằng viên Nguyễn Văn Sửu làm việc ở nhà thương tỉnh ấy, làm việc đã 13 năm, gần đây các quan trong thành và nhân dân người nào bị bệnh dịch truyền nhiễm hay có bệnh gì lạ đều đến điều trị. Bệnh nhân nặng cho nằm lại nhà thương ấy, phàm các bệnh nhân được bác sĩ cấp thuốc theo bệnh và chỉ thị cho viên ấy ngày đêm thường xuyên túc trực ở đó để điều trị. Viên ấy không ngại vất vả, thực là đáng khen,...  Bản Tấu đã được Vua Duy Tân phê duyệt.[iii]

Biện pháp mà ngày nay chúng ta gọi là “cách ly”, “phong tỏa” được thực hiện nghiêm ngặt. Việc đi và đến địa phương có dịch bệnh chịu sự kiểm soát chặt chẽ trong thời gian dịch bệnh hoành hành. Thuyền buôn của tỉnh bị dịch bệnh bị nghiêm cấm đến các cửa biển để tránh khỏi truyền nhiễm. Năm Thành Thái 11, Bố chánh và Án sát sứ tỉnh Phú Yên tư trình về việc nhận được điện của quan Khâm sứ đại thần nói bệnh dịch ở Nha Trang lại tái phát, cần nghiêm sức các cửa biển ngày đêm rà soát, không cho thuyền buôn của tỉnh đó vào, sức gấp cho các phủ huyện Tuy An, Tuy Hòa và nghiêm nhắc các cửa biển cùng phái thập binh đóng chặn, ngày đêm canh giữ không cho thuyền buôn tỉnh đó vào cửa biển để tránh truyền nhiễm. Nếu sơ suất ăn hối lộ cho đi, phát hiện ra phải trị tội.[iv]

Theo trình báo của Bố chánh sứ tỉnh Phú Yên vào năm Duy Tân thứ 8 (1914) về nội dung tờ bẩm của phủ viên phủ Tuy An Nguyễn Hữu Hiền rằng thôn Mĩ Quang thuộc hạt đó bị bệnh dịch hạch, nên quý toà sức cấm người thôn đó không được đi lại sang thôn khác và người thôn khác cũng không được qua lại thôn đó.[v]

Ngoài ra còn phái lính canh đóng giữ để kiểm soát việc di chuyển giữa nơi bị dịch bệnh với nơi khác. Ngày mồng 9 tháng 7 năm Duy Tân thứ 2 (1908), Bộ Binh nhận được  tư văn của quan Phủ tỉnh Bình Thuận Hồ Văn Phức trình: thấy ngài công sứ ngụ ở tỉnh bàn rằng hiện bệnh dịch ở trong hạt chưa trừ được, nên phái lính đến đóng giữ để khỏi lây lan đến xóm thôn, nhưng số lính ở tỉnh không có bao nhiêu, cần đặt thêm 60 tên lính canh phòng, chia phái đóng giữ các nơi. Bộ thần xét thấy việc này đã trình quan bàn bạc giải quyết. Sau đó nhận được trả lời rằng ngày 29 dương lịch tháng trước họp bàn, toà Khâm sứ đại thần cho triệu tập lấy 30 tên lính canh phòng, thuộc tỉnh ấy, lương tháng của bọn ấy nên do ngân sách bảo hộ trích cấp một nửa, còn một nửa do ngân sách nước ta trích cấp. Ngày mồng 1 tháng trước nhận được điện của tỉnh ấy xin phái thêm 30 tên lính canh phòng đến giúp đỡ. Vào ngày mồng 5 tháng 9 họp bàn, ngài Khâm sứ đại thần xét duyệt số đó, đã điện trả lời cho tỉnh ấy biết mà thi hành. Bản Tấu đã được Vua Duy Tân phê duyệt.[vi]

Tẩy bỏ uế độc là biện pháp không thể thiếu trong các đợt dịch lúc bấy giờ. Bản Tấu của Bộ Binh năm Duy Tân thứ 4 (1910) đề cập: Tháng 5 năm nay, nhận được tờ tư của quan Đô thống sung Đô đốc Nha Hộ thành Vũ Văn Đại trình bày: tháng 3, nhân dân trong thành nhiều người bị dịch bệnh, sau đó bàn phái các viên binh đến giúp các gia đình bị bệnh, trông nom bệnh nhân và cử người đến các bộ nha và các phường trừ bỏ các uế độc.[vii]

Những văn bản hành chính triều Nguyễn liên quan về dịch bệnh còn lại đến nay đã cho thấy sự thay đổi rõ nét trong các biện pháp kiểm soát dịch bệnh ở nước ta dưới thời Nguyễn khi có sự can thiệp của người Pháp so với trước đó.