1- Khối tài liệu Hán-Nôm:
Đây là khối tài liệu được hình thành trong các cơ quan thuộc các triều đại phong kiến ở Việt nam, chủ yếu là triều đại nhà Nguyễn (từ Gia Long năm 1802 đến Bảo Đại năm 1945). Cụ thể như sau:
- Tài liệu Châu bản triều Nguyễn từ Gia Long (1802) đến Bảo Đại (1945);
- Tài liệu Địa bộ: gồm trên 10.000 tập về các loại đất đai, kích thước, vị trí, chủ sở hữu v.v... các làng xã từ Miền Bắc đến Miền Nam được lập trong hơn 30 năm đầu của triều Minh Mạng (1806-1837);
- Tài liệu Nha huyện Thọ Xương: là tài liệu thuộc thành nội Hà nội;
- Tài liệu Phông Nha Kinh Lược Bắc Kỳ: là tài liệu của cơ quan đại diện của triều đình nhà Nguyễn ở Bắc Kỳ trong những năm cuối thế kỷ XIX;
- Sưu tập Tài liệu Hương Khê: từ Hậu Lê (1619) đến Tự Đức;
- Khối Sách Hán- Nôm: gồm chục ngàn cuốn;
- Sách Kinh Phật.
2- Khối tài liệu tiếng Pháp:
Là khối tài liệu được hình thành trong các cơ quan chính quyền thuộc địa Pháp ở Đông Dương trước đây (gồm Việt Nam - Lào và Cămpuchia) và các sở chuyên môn của chính quyền thuộc địa Pháp ở Bắc Kỳ. Cụ thể các phông tài liệu như sau:
• Khối tài liệu hành chính:
- Phông Đô đốc và Thống đốc (Fonds des Amiraux et des Gouverneurs).
- Phông Toàn quyền Đông Dương (Fonds du Gouvernement général de l'Indochine).
- Phông Nha Nông - Lâm - Thương mại Đông Dương (Fonds de la Direction de l'Agriculture, des Forets et du Commerce).
- Phông Sở Địa dư Đông Dương (Fonds du Service géographique de l'Indochine ).
- Phông Tổng Thanh tra Công chính Đông Dương (Fonds de I'Inspection générale des Travaux publics de l'Indochine).
- Phông Sở Tiếp tế và Vận tải biển Đông Dương (Fonds du Service du Ravitaillement et des Transports maritimes de l'Indochine).
- Phông nha Tài chính Đông Dương (Fonds de la Direction des Finances de l'Indochine).
- Phông Sở Kiểm tra Tài chính Đông Dương (Fonds du Controle financier de l'Indochine).
- Phông Nha Thương chính Đông Dương (Fonds de la Direction des Douanes et Régies de l'Indochine).
- Phông Sở Trước bạ và Tem Đông Dương (Fonds du Service de I'Enregistrement, des Domaines et du Timbre de l'Indochine).
- Phông Nha Lưu trữ và Thư viện Đông Dương (Fonds de la Direction des Archives et des Bibliothèques de l'Indochine).
- Phông Tổng Thanh tra Y tế Đông Dương (Fonds de I'Inspection générale I'Hygiène et de I'Indochine de la Santé publique de I'Indochine ).
- Phông Tổng hội Viên chức Đông Dương (Fonds de I'Inspection genéral syndicale des Fonctionnaire et Agént de I'Indochine).
- Phông Hạm đội Đông Dương (Fonds de la Flotte indochinoise).
- Phông Công ty Đường sắt Đông Dương- Vân Nam (Fonds de la Compagnie franầasie des Chemins de Fer de I'Indochine et du Yunnan).
- Phông Toà Thượng Thẩm Hà nội (Fonds de la Cour d'Appel de Hà nội).
- Phông Thống sứ Bắc Kỳ (Fonds de la Residence Supérieure au Tonkin).
- Phông Sở Nông nghiệp Bắc Kỳ (Fonds du Service de I'Agriculture du Tonkin).
- Phông Sở Địa chính Bắc Kỳ (Fonds du Service du Cadastre et de la Topographie du Tonkin).
- Phông Sở Công chính Bắc Kỳ (Fonds des Travaux publics du Tonkin).
- Phông Sở Học chính Bắc Kỳ (Fonds du Service de I'Enseignement au Tonkin).
- Phông Sở Y tế Bắc Kỳ (Fonds de la Direction de la Santé du Tonkin).
- Phông Sở Thú Y Bắc Kỳ (Fonds du Service vétérinaire et des Epizootíe du Tonkin).
- Phông Công ty Than Hòn Gai (Fonds de la Société franầasie des Charbonnages du Tonkin).
- Phông Công ty Bông Bắc Kỳ (Fonds de la Société cotonniere du Tonkin).
- Phông Toà án Hải Phòng (Fonds du Tribunal de Première instance de Hai Phong).
- Phông Toà án Đà Nẵng (Fonds du Tribunal de Paix de Tourane).
- Phông Toà Đốc lý Hà Nội (Fonds de la Mairie de Ha noi).
- Phông Sở Địa chính Hà Nội (Fonds du Service du Cadatre et des Domaines de Ha noi).
- Phông Toà sứ Bắc Giang (Fonds de la Résidence de Bac Giang).
- Phông Toà sứ Hà Đông (Fonds de la Résidence de Ha Dong).
- Phông Toà sứ Hoà Bình (Fonds de la Résidence de Hoa Binh).
- Phông Toà sứ Lào Cai (Fonds de la Résidence de Lao Cai).
- Phông Toà sứ Nam Định (Fonds de la Résidence de Nam Dinh).
- Phông Toà sứ Ninh Bình (Fonds de la Résidence de Ninh Binh).
- Phông Toà sứ Phú Thọ (Fonds de la Résidence de Phu Tho).
- Phông Toà sứ Thái Bình (Fonds de la Résidence de Thai Binh).
- Phông Toà sứ Thanh Hoá (Fonds de la Résidence de Thanh Hoá).
- Phông Toà sứ Tuyên Quang (Fonds de la Résidence de Tuyên Quang).
- Phông Toà sứ Yên Bái (Fonds de la Résidence de Yên Bai).
- Các sở chuyên môn thành phố Hà Nội và Sài Gòn.
- Khối tài liệu Sổ sách về Ngân sách Đông Dương.
- Khối tài liệu nhân sự.
- Sổ Thuế.
- Tài liệu về điều tra dân số.
- Sưu tập bản đồ.
• Khối tài liệu chính quyền thân Pháp:
- Phông Bảo Đại Hà Nội.
- Phông Bảo Đại Đà Lạt.
- Phông Sở Học chính Bắc Việt.
- Phông Sở Thông tin- Tuyên truyền Bắc Việt
- Phông Toà Thị chính Hà Nội.
• Khối tài liệu kỹ thuật:
- Tài liệu kiến trúc.
- Tài liệu Giao thông đường bộ.
- Tài liệu Thuỷ Lợi.
- Tài liệu Thuỷ Lợi Miền Trung.